Es quizá deseable en este momento pasar a repasar muy rápidamente las limitaciones y fallos de la Reforma, siempre dando la debida honra a la notable cadena de fieles testigos que Dios suscitó para llevar a cabo aquella magna obra. La doctrina de la Reforma expuso que Cristo murió para reconciliar a Su Padre con nosotros. «Una enunciación,» como ha dicho J. N. Darby, «totalmente errónea, confundiendo el nombre de relación en bendición con Dios en Su naturaleza; enseñando lo que la Biblia no enseña, afirmando ellos que la obra de Cristo era reconciliar a Dios con nosotros, y cambiar Su mente.» La verdad de la proyección del amor de Dios con la libre y espontánea acción de Su gracia y naturaleza estaba ausente de la teología de los reformadores y de sus credos. Ellos tenían que «es necesario que el Hijo del Hombre sea levantado», y creían en su eficacia; pero no tenían el concepto de «porque de tal manera amó Dios al mundo, que dio a su Hijo unigénito.» Además, predicaban la justificación por la fe para la liberación de las almas, pero al establecer un sistema enseñaron que el perdón de los pecados era obtenido mediante regeneración bautismal, y luego se torturaron tratando de conciliar ambas cosas. La Reforma nunca fue más allá de la verdad de la justificación por medio de la muerte y resurrección de Cristo. La formación de la asamblea en relación con Cristo ascendido y el Espíritu Santo enviado desde el cielo, y la segunda venida de Cristo—primero para recibir a Sus santos y luego para juzgar al mundo—no fueron ni tocadas.
La aplicación de la justificación por la fe—una verdad verdaderamente preciosa en sí misma—era, naturalmente, dirigida al individuo, y este mismo hecho resultó en la transferencia de poder e importancia de la iglesia al individuo. La idea de la iglesia como dispensadora de bendición fue rechazada; y todo hombre fue llamado a leer la Biblia por sí mismo, a examinarla por sí mismo, a creer por sí mismo, a ser justificado por sí mismo, a servir a Dios por sí mismo, por cuanto debía responder de sí mismo. El pensamiento recién nacido de la Reforma—siempre correcto, pero mucho tiempo negado por el Romanismo— era, primero bendición individual, luego la constitución de la iglesia. Pero lamentablemente el verdadero concepto de la Iglesia de Dios se perdió entonces de manera total, y no fue recuperado hasta los inicios del siglo diecinueve. Hasta adonde habían llegado, los reformadores estaban en lo cierto, pero al perderse de vista el puesto y obra propios del Señor en la asamblea por el Espíritu Santo, los hombres comenzaron a unirse y a erigir unas llamadas iglesias según sus propias ideas.