Pronto se hizo sentir el pernicioso efecto de esta primera unión entre la Iglesia y el Estado. Constantino no aceptaba otra autoridad más que la suya, y recurría a medidas violentas para hacerla obedecer. Se puede dar un ejemplo de esto. Un hereje destacado, llamado Arrio, expuso un credo religioso que negaba la deidad de Cristo. Enseñaba él que el Señor había sido creado por Dios como todos los otros seres, y que, consiguientemente, no era coeterno con Dios. Los obispos cristianos denunciaron esta doctrina, con razón, como una horrible blasfemia; Arrio y sus seguidores fueron excomulgados por la iglesia, y la posesión y difusión de sus escritos fueron declaradas pecados capitales. En cambio, Constantino consideró la herejía una mera minucia, y ordenó promulgar un edicto imperial mandando que los herejes excomulgados fueran restaurados a la comunión de la iglesia. Fue Atanasio, obispo de Alejandría, el que discernió el verdadero peligro en las enseñanzas de Arrio, y se resistió firmemente a esta intervención. Estaba totalmente dispuesto a resistirse a la orden del emperador y a sufrir persecución y destierro por su defensa de esta gran verdad central del cristianismo: la deidad del Señor Jesús. En el Concilio de Nicea, en el año 325, la deidad de Cristo recibió sanción oficial, y fue formalmente enunciada en el original Credo Niceno.